أنشئ قسم الهندسة البحرية وعمارة السفن عام 1961 وتخرجت أول دفعة من طلبة القسم عام 1964 وقد كان القسم قبل ذلك شعبه من شعب قسم الهندسة الميكانيكية. ويعتبر من الأقسام المتميزة فى مصر والشرق الاوسط. وقد سبق للقسم الحصول على إعتماد شهادة البكالوريوس فى الهندسة البحرية وعمارة السفن من المجلس الهندسى البريطانى للطلاب المقبولين من 1996 – 2001.